吞咽障碍是怎么发生的呢?支配吞咽的神经包括四个部分：一是感觉运动区尾侧和运动前区外侧、岛叶、颞极皮质、额下回前部、岛盖额部构成的高级中枢(皮质吞咽中枢);二是孤束核(NTS)及其周围的网状结构构成的背侧区域和疑核及其周围的网状结构构成的腹侧区域组成的低位中枢(延髓中枢模式发生器);三是迷走神经背核、三叉神经运动核、疑核、舌下神经核的吞咽颅神经核团;四是小脑。这四个方面相互作用、相互配合，共同帮助人体完成吞咽动作。如果有一个地方出现了问题，如受到损伤或发生病变，就会导致吞咽困难。
吞咽这个动作的完成不仅仅需要牙齿、舌头、咽喉的参与，唇、颊、腭也会“加入”到其中。虽然这些结构在吞咽的时候作用有大有小，但是少了任何一部分参与，这个动作很难顺利完成。
唇是由口轮匝肌以及覆盖在其上的粘膜皮肤构成的。唇的作用是在咀嚼和吞咽时，封闭口腔前部，使口腔内的食物不会漏出。并可紧贴牙弓将食物从口腔前庭挤入真口腔内。在摄入液体时，还可缩拢进行啜吸。
颊构成口腔的两个侧壁，由粘膜、颊肌和皮肤构成。颊肌是口周围肌中重要的辐射状肌，收缩时牵拉口角向外，并使颊与牙弓紧贴以助咀嚼和吸吮。咀嚼时，配合舌的活动将食物放于上下磨牙之间，利于咀嚼。
舌的肌群包括舌内肌和舌外肌。舌内肌是舌本身的肌肉，构成舌的主体。舌内肌收缩时，分别可使舌缩短、变窄或变薄，改变舌的形态。舌外肌起自舌周围各骨，止于舌内，包括颏舌肌、舌骨舌肌、茎突舌肌和腭舌肌4对。其中颏舌肌是重要的一对，双侧收缩时使舌伸向前下方，单侧收缩使舌尖偏向对侧。舌在咀嚼时能够搅拌食物，使之与唾液充分混合，并将食物送至磨牙之间，利于牙齿对食物的切割和碾磨，当食物形成糊状的食团时，舌将其向口腔后部推送直至进入咽部，随后舌根继续将食团向下推进至下咽部。
软腭为腭部六对肌肉表面覆以粘膜形成的，其后部斜向后下方也称为腭帆。其后缘的咽腭弓和舌腭弓以及腭垂(即悬雍垂)构成腭帆的游离缘，与双侧的腭舌弓和舌根共同构成咽峡。在咀嚼时，软腭可随时与舌根之间紧密接触，形成舌腭连接，防止食物提前漏入咽部。当准备吞咽时，软腭上抬，并增厚隆起，与咽后壁接触，封闭鼻咽与口咽之间的通道，防止食物从鼻腔里反流出来。如果软腭无力，则可能出现舌腭连接功能减弱，食物提前漏入咽部，尤其是液体食物，造成提前误吸。软腭不能封闭鼻咽时，表现为鼻反流或鼻穿透，并可出现鼻音。
咽腔以腭帆游离缘和会厌上缘平面为界，咽腔可分为鼻咽、口咽和喉咽3个部分。咽肌构成了咽的后壁和侧壁。包括咽缩肌和咽提肌两组。咽缩肌包括咽上、中、下缩肌三个部分，自上而下依次叠瓦状排列，吞咽时，咽缩肌向咽腔中部收缩，自上而下封闭咽腔，将食团推向食管。咽提肌收缩时，在垂直方向上上提咽壁和喉结构，并使舌根后压，这样就促使会厌向后返折，盖住喉口，而食团则从会厌上面经过，进入食管。
喉或者喉结构实际上是由一组软骨及肌群组成的器官。即以软骨为支架，借关节、韧带和喉肌连接而成。软骨主要包括甲状软骨、环状软骨、会厌软骨、杓状软骨，还有小角软骨和楔状软骨。
当食团还在口腔内或刚刚进入咽部时，喉结构就已经发生了构象变化，做好吞咽准备。首先是杓状软骨尖端向前弯曲，抵在会厌的根部，然后会厌向后下返折，盖在杓状软骨上面，与此同时，喉结构提升过程中，真假声带依次关闭。随后喉结构上提至舌根下，受到舌根的保护。
吞咽这个动作的完成，分为口准备期、口腔期、咽期、食管期四个阶段。
口准备期
口准备期指食物摄入口腔至完成咀嚼这一过程，是为吞咽做准备的阶段。食物经由唇、齿、颌、舌、颊肌、硬腭、软腭等参与摄入口腔，经咀嚼形成食团。食物在口腔内进行加工处理时，口腔呈一封闭空间，前方口唇关闭，后方舌根与软腭相接(舌腭连接)，防止食物坠入咽部。
期间，流质饮食无须咀嚼，关键在于口腔内的控制;半流质、软质食物只要依靠舌与腭的挤压运动即可形成食团;而固体食物则需要通过复杂地咀嚼过程：下颌的垂直及水平运动，将食物进行切割、研磨，同时，舌对食物进行搅拌并与唾液混合，将其加工成为容易吞咽的食团。
这个阶段如果唇出现问题，患者会出现流口水、食物从口角漏出等症状。食团形成障碍、口内食物残留是颊肌的问题，提前误吸则是软腭的问题。
口腔期
口腔期指把咀嚼形成的食团送入咽部的短暂过程。食块由口腔开始向咽部移动的瞬间即为口腔期的开始，而食块越过咽峡的一刻，即移行入咽期。口腔期开始，舌尖向上方运动，舌与腭的接触面由前向后方延展，将食团推向口腔后方。随后，软腭开始抬高，舌后部下降，舌根前移，食团推送入咽。此时，上升的软腭与向前方突出的咽后壁相接，封锁上咽与中咽的间隙，形成鼻咽腔闭锁。
食团形成障碍、食团推进障碍、吞咽启动不能、吞咽延迟、口内食物残留、会厌谷滞留是这个阶段常出现的吞咽障碍。
咽期
咽期即食团通过反射运动，由咽部向食管移送的阶段。食团入咽后，通过舌根的推挤，食团在中咽被舌、软腭和咽壁包围。此时，喉部抬高、喉腔封闭，会厌呈水平状。随着咽部的收缩到达中咽，软腭下垂封闭咽峡，舌骨及喉部大限度地移向前上方，会厌下倾，食团经下咽进入食管。随后，咽部的收缩进至下咽，食团完全进入食管。此刻中咽由于咽壁、舌根及软腭的紧贴完全封闭，咽喉依然封闭。及至食团被送入颈段食管，各器官位置方始复原，呼吸道重新开通。正常情况下，吞咽反射在1秒内完成。
声音嘶哑，会厌返折差，喉上提不能、减慢、幅度降低-吞咽启动不能，用力吞咽，吞咽延迟是咽期的障碍表现;软腭与咽后壁封闭障碍，鼻反流，咽部感觉减退，咽肌收缩无力，食物滞留咽部-会厌谷、梨状窝、咽后壁重复吞咽，用力吞咽，吞咽延迟是咽阶段常有的异常。食物梗阻感、用力吞咽、咽部滞留、重复吞咽、吞咽不能、误吸则是环咽肌的问题。
食管期
食管期指通过食管蠕动运动，把食团由食管向胃部移送的阶段。由于食团的重力及食管的蠕动、负压作用，食团沿食管下行入胃。